Инспекторатът е на пряко подчинение на министъра и осигурява изпълнението на контролните му функции, като осъществява административен контрол в министерството и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити /Изпълнителна агенция "Автомобилна администрация", Главна дирекция "Гражданска въздухоплавателна администрация", Изпълнителна агенция „Електронни съобщителни мрежи и информационни системи", Изпълнителна агенция "Железопътна администрация", Изпълнителна агенция “Морска администрация”, Изпълнителна агенция “Проучване и поддържане на река Дунав” – гр. Русе, Национална многопрофилна транспортна болница - гр. София, Многопрофилна транспортна болница - гр. Пловдив/ към министъра.

Инспекторатът извършва комплексни и тематични проверки по утвърден от министъра годишен план, както и проверки на постъпили сигнали, заявления и предложения, а също и по случаи с широк обществен отзвук. Проверките се извършват въз основа на писмена заповед на министъра.

При изпълнение на функциите си инспекторатът се ръководи от принципите на законност, лоялност, честност, обективност, безпристрастност, отговорност, политическа неутралност и йерархична подчиненост.

Дейността на инспектората е насочена към всеобхватно, обективно, безпристрастно и точно изясняване на проверяваните проблеми и предлагане на мерки за тяхното разрешаване.

Инспекторатът има следните функции:

• анализира ефективността на дейността на министерството и на второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра;
• прави оценка на корупционния риск и предлага мерки за неговото ограничаване;
• проверява спазването на законите, подзаконовите нормативни актове и вътрешните правила за организация на работата в министерството и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра;
• извършва проверки по постъпили сигнали, заявления и предложения срещу незаконни или неправилни действия или бездействия на служители в министерството и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра;
• анализира причините и условията за констатираните нарушения и предлага мерки за отстраняването им и налагането на наказания;
• осъществява контрол по Закона за предотвратяване и установяване на конфликт на интереси;
• подпомага министъра при изпълнението на задачите, произтичащи от годишните планове за изпълнение на Интегрираната стратегия за превенция и противодействие на корупцията и организираната престъпност, като предприема мерки за предотвратяване и разкриване на корупционни практики и осъществява дейности по мониторинг и превенция на корупцията в министерството и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра;
• може да предлага образуването на дисциплинарно производство, когато установи, че е извършено нарушение на служебните задължения, както и на Кодекса за поведение на служителите в държавната администрация;
• контролира спазването на препоръките от вътрешния и външния одит и предписанията, дадени от компетентните органи при извършени проверки;
• осъществява и други дейности във връзка с административния контрол, произтичащи от нормативни актове или възложени от министъра;
• изпълнява специфични задачи и проверки, възложени от министъра.

При осъществяване на своите функции инспекторите имат право да изискват документи, сведения, данни, справки и други носители на информация от проверяваните лица, които са необходими за извършване на проверките.

Служителите в министерството и във второстепенните разпоредители с бюджетни кредити към министъра са длъжни да оказват пълно съдействие на инспекторите при изпълнение на функциите им.

При извършване на проверките инспекторите имат право да изискват информация от държавните и местните органи, от органите на съдебната власт и от други институции.

Ръководителят на инспектората представя ежегоден доклад на министъра за дейността на инспектората за съответната година.